Fundado por Editorial Católica, S.A. (EDICA), el diario YA apareció en los quioscos el 14 de enero de 1935 como una publicación vespertina que salía todos los días, incluidos los lunes a pesar de la Real Orden que obligaba al descanso dominical de la mayoría de las editoriales de prensa. Su director fue Vicente Gallego. Al estallar la Guerra Civil Española, el 20 de julio de 1936 fue suspendido y el Partido Comunista de España utilizó sus rotativas para publicar el periódico Mundo Obrero.
Concluida la Guerra Civil, el diario YA pasó a ser matutino. Hasta 1952 fue dirigido por Juan José Pradera, quien mantuvo varios conflictos con la dirección de la empresa. Su sustituto, Aquilino Morcillo, estuvo 23 años al frente del periódico. Fue una etapa fructífera y por primera vez, se introdujo el huecograbado, a la vez que se cambió el formato del periódico por otro más pequeño y manejable, y con portadas en color los domingos y festivos, días en los que también se introdujo un suplemento dominical. En los últimos años del régimen franquista, el periódico se significó por su línea aperturista. Debido a su orientación conservadora, fue uno de los periódicos más populares e influyentes de España durante el franquismo. Con asiduidad aparecían artículos de un grupo de intelectuales y políticos democristianos, pertenecientes al grupo Tácito. Con Alejandro Fernández Pombo, director entre los años 1974 hasta 1980, el diario logró sustituir con éxito las antiguas linotipias. En 1975, año de la muerte de Franco, se convirtió en el periódico más vendido en Madrid, con 177.000 ejemplares diarios de promedio.
El declive se inició en la década de 1980, siendo un claro síntoma de la recesión la frecuencia con la que los obispos cambiaban a los directores (Manuel Jiménez Quilez, José María Castaño, Venancio Luis Agudo, Guillermo Medina, Fernando Onega y Ramón Pí). Con Jiménez Quilez, que permaneció un año, la línea del periódico dio un giro nuevamente a la derecha.
En 1988, la Conferencia Episcopal vendió la cabecera y su emblemático edificio de Madrid a una filial del grupo vasco Comecosa (actualmente Grupo Correo) comenzando un periodo de declive. Durante esta década el periódico cambió nuevamente de formato procurando adaptarse a los diseños más modernos de la época. Los nuevos propietarios fracasaron en su intento de reflotarlo, y en julio de 1991 lo vendieron a Antena 3 TV.
Dicha emisora de televisión, entonces todavía propiedad del conde de Godó, fracasó en su proyecto de crear un grupo multimedia y lo vendió en diciembre de 1992 al grupo mexicano Editoriales del Sur por el simbólico precio de una peseta. Sin embargo, los nuevos propietarios suspendieron pagos en julio de 1993. En octubre de 1994, el empresario chileno Miguel Ángel Gnecco alegó haber comprado el periódico. En diciembre de 1994, el editor de El Diario de Ávila, Aurelio Delgado, compró el periódico en un acuerdo con representantes de Antena3 TV, la Comunidad de Madrid y UGT. Caja de Madrid otorgó un crédito de 600 millones de pesetas al diario, avalado por la Comunidad. En septiembre de 1995, Aurelio Delgado anunció una ampliación de capital por valor de 800 millones de pesetas que nunca se produjo. Finalmente, en abril de 1996, los 160 trabajadores del diario demandaron a Edica por el impago de salarios.
En junio de 1996 la justicia reconoció el derecho de la plantilla a rescindir sus contratos y a cobrar 2.000 millones de pesetas de indemnización. Al declararse insolvente el diario YA, se declararon a los 160 trabajadores despedidos como propietarios de los derechos de propiedad de la cabecera del diario YA de la rotativa, el sistema informático y el resto de los bienes.
El 25 de enero de 2006, salió a subasta el antiguo archivo fotográfico del diario YA, que fue adjudicado por 40.000 € a la Fundación San Pablo-CEU.El 1 de julio de 2008, reapareció en Internet un diario de noticias bajo el nombre de DIARIO YA, donde alguno de los profesores del CEU colabora como columnistas. El director de esta edición digital es Rafael Nieto, siendo copropietario de esta edición digital Juan Manuel Pozuelo. Durante la presentación en la Asociación de Prensa de Madrid, el mismo Rafael Nieto afirmó que "Nuestra línea editorial es muy clara: estamos en contra de todo tipo de aborto, de cualquier forma de eutanasia, y defendemos la unidad de España, porque creemos que España y el catolicismo han nacidos juntos", terminando por añadir que la cabecera "no es de ningún partido".
